Els òrgans de govern necessaris de la mancomunitat són l'Assemblea General, el President, el Vice-president i la Comissió de Comptes. L'Assemblea també pot acordar crear la Junta de Govern
 
Assemblea General
Està formada per 11 vocals, 5 dels quals són representants de l'Ajuntament de Palamós, 4 de l'Ajuntament de Calonge i 2 de l'Ajuntament de Vall-llòbrega. Els vocals són elegits pels respectius plens i el cessament com a membre de l'ajuntament comportarà també el cessament com a vocal.
 
Corresponen a l'Assemblea General les atribucions que la legislació vigent estableix com a pròpies del Ple de l'Ajuntament i també són competència de l'Assemblea proposar la modificació dels estatuts, infromar de les noves adhesions i separació d'algun dels seus membres i proposar la dissolució de la mancomunitat.
 
L'Assemblea General tindrà sessió ordinària un cop cada semestre natural i extraordinària quan ho decideixi el president o ho demani com a mínim la quarta part dels vocals. La seva constitució es considera vàlida amb l'assistència d'una tercera part dels seus membres.

El President
És elegit per l'Assemblea General entre els seus membres. L'elecció es fa per majoria absoluta en primera votació o per majoria simple en segona votació.
 
El President té les competències i facultats que la legislació atribueix a l'Alcalde.
 
Vice-president
Nomenat pel President, el substituirà quan no hi sigui.
 
La Junta de Govern
Està formada pel President i 6 vocals, 3 dels quals representen l'Ajuntament de Palamós, 2 de l'Ajuntament de Calonge i 1 de l'Ajuntament de Vall-llòbrega. Els vocals són elegits d'entre els membres de l'Assemblea General.
 
La Junta de Govern té les atribuicons que li delegui l'Assemblea General i el President. Les competències que no es podran delegar són les que la legislació vigent configura com a no susceptibles de delegació per part del Ple de l'Ajuntament o per part de l'Alcalde.
 
Comissió de Comptes
La Junta de Govern actuarà com a Comissió de Comptes.